Bahagian Pendidikan JAKIM ditubuhkan pada 1 Disember 2018 selari dengan pelaksanaan penyusunan semula (redeployment) JAKIM. Sebelum ini, Bahagian Pendidikan berada di bawah Bahagian Kemajuan Islam (BKI) JAKIM menerusi Cawangan Pendidikan BKI. Penubuhan Bahagian Pendidikan JAKIM dengan entitinya yang tersendiri merupakan manifestasi kepada komitmen dan kesungguhan Kerajaan untuk melihat institusi Pendidikan Islam berada setanding dengan institusi pendidikan aliran perdana. Lebih-lebih lagi dengan trend semasa masyarakat yang kembali menjadikan institusi Pendidikan Islam sebagai pilihan utama untuk anak-anak mereka menyambung pengajian ke peringkat menengah hinggalah ke peringkat yang lebih tinggi, sudah sampai masanya agenda memperkasa Pendidikan Islam khususnya bagi institusi Pendidikan Islam di bawah penyelarasan Lembaga Penasihat Penyelarasan Pelajaran dan Pendidikan Agama Islam (LEPAI) dilaksanakan secara lebih berfokus dan berstrategik.
Penubuhan Bahagian Pendidikan JAKIM juga bertepatan dengan fungsi Majlis Kebangsaan Bagi Hal Ehwal Ugama Islam Malaysia (MKI) dalam menyelaras pengurusan hal ehwal Islam di Malaysia dalam bidang perundangan, pendidikan agama Islam dan pentadbiran Islam sebagaimana yang diperuntukkan dalam Perkara 7 Peraturan MKI. Dalam melaksanakan fungsinya, Bahagian Pendidikan berada di bawah Sektor Operasi JAKIM dan memfokuskan kepada tugas-tugas operasi yang berkait secara langsung dengan aspek Pendidikan Islam. Dengan kekuatan sumber manusia seramai 25 orang, Bahagian Pendidikan mempunyai tiga cawangan utama iaitu Cawangan Pengurusan KAFA, Cawangan Pengurusan Sekolah Agama dan Cawangan Penyelarasan Pendidikan.
