Institusi pendidikan pondok merupakan sistem pendidikan Islam terawal di Malaysia kini sedang dalam penelitian ke arah pemerkasaan dari sudut pengurusan, prasarana, kurikulum, pendaftaran, latihan guru dan lain-lain aspek yang berkaitan. Institusi pendidikan pondok, adalah termasuk dalam sistem pendidikan Islam di bawah kawalan pihak berkuasa agama Negeri.
Menyedari keunggulan pendidikan pondok dalam melahirkan tokoh ulama yang berwibawa Jakim dengan kerjasama agensi-agensi yang terlibat seperti Jabatan Agama Islam Negeri (JAIN), Majlis Agama Islam Negeri (MAIN), Kementerian Pendidikan Malaysia (KPM), Kementerian Pendidikan Tinggi (KPT), pengusaha pondok dan beberapan pihak berkepentingan dalam pendidikan pondok telah bersama-sama membincangkan usaha-usaha ke arah pemerkasaan institusi tersebut dalam Persidangan Meja Bulat Institusi Pendidikan Pondok Di Malaysia. Persidangan ini telah diadakan di Institut Latihan Islam Malaysia (ILIM) Bangi Selangor pada 28 Julai 2016 dan dipengerusikan oleh YBhg. Prof. Emeritus Dato’ Paduka Dr. Mahmood Zuhdi bin Haji Abd Majid Timbalan Pengerusi Lembaga Penasihat Penyelarasan Pelajaran dan Pendidikan Agama Islam (LEPAI) juga merangkap Pengerusi Jawatankuasa Sukatan Pelajaran dan Kurikulum LEPAI. Sebanyak dua kertas telah dibentangkan dalam persidangan tersebut iaitu Pengurusan Institusi Pendidikan Pondok di Malaysia oleh YBhg. Puan Hajah Hakimah binti Mohd Yusoff, Pengarah Bahagian Kemajuan Islam Jakim dan Sistem Pendidikan Pondok di Malaysia oleh YBhg. Dr. Luqman bin Haji Abdullah, Pensyarah Akademi Pengajian Islam Universiti Malaya.
Program yang julung-julung kalinya diadakan ini adalah platform bagi membincangkan hala tuju institusi pendidikan pondok di Malaysia dan memberi peluang kepada agensi pelaksana dan penyelaras peringkat pentadbiran agama Negeri berkongsi pengalaman masing-masing dalam menguruskan institusi pendidikan pondok di negeri masing-masing.
Persidangan ini juga turut melihat keperluan kepentingan pengekalan pembelajaran ilmu Turath (ilmu teras Islam) sebagai asas kurikulum di institusi berkenaan. Di samping itu, suasana dan tradisi kehidupan pondok yang asal perlu dikekalkan dengan membuat penambahbaikan dari sudut prasarana, kebajikan, keselamatan dan aspek- aspek fizikal institusi berkenaan.
Dalam masa yang sama aspek-aspek kemahiran kendiri dalam bidang vaksional dan teknikal perlu dibekalkan kepada pelajar di institusi pondok bagi melahirkan lepasan pondok yang bukan sahaja alim dalam bidang agama tetapi mampu meneruskan kehidupan berdasarkan ilmu dan kemahiran yang diperolehi. Satu garis panduan pengurusan dan sistem tadbir urus pondok yang seragam bakal diwujudkan bagi memudahkan pihak berkuasa agama Negeri menguruskan institusi tersebut secara lebih tersusun dan sistematik.
Persidangan ini mendapat sambutan dan respon yang baik daripada semua peserta dan memberi pengharapan yang tinggi terhadap usaha pemerkasaan dan mengembalikan kegemilangan institusi berkenaan.
