Jabatan Kemajuan Islam Malaysia melaksanakan sistem kualiti bagi dua puluh tujuh (27) proses melibatkan proses utama dan sokongan di Ibu Pejabat JAKIM berdasarkan keperluan standard MS ISO 9001:2015
Bahagian Khidmat Pengurusan
Bahagian Pengurusan Maklumat
Bahagian Dasar Kemajuan Islam
Bahagian Maqasid Syariah
Bahagian Penerbitan
Bahagian Pendidikan
Unit Komunikasi Korporat
Bahagian Pengurusan Halal
Bahagian Keluarga, Sosial Dan Komuniti
Bahagian Dakwah
Bahagian Penyelarasan Penguatkuasaan & Pendakwaan Syariah
Bahagian Undang-Undang
Unit Integriti
Bahagian Kewangan
Bahagian Pengurusan Sumber Manusia
Bahagian Penyelidikan
Jabatan Kemajuan Islam Malaysia beriltizam untuk menyampaikan perkhidmatan pengurusan hal ehwal Islam yang mematuhi Maqasid Syariah dalam memenuhi kehendak pelanggan serta mematuhi Akta, Peraturan dan Undang-undang serta menambah baik sistem pengurusan kualiti secara berterusan.
Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM) komited melaksanakan Sistem Pengurusan Kualiti (SPK) berasaskan MS ISO 9001: 2015 untuk memantapkan lagi keberkesanan dan kecekapan penyampaian perkhidmatan yang memberi fokus kepada kehendak dan jangkaan pelanggan terutama golongan sasar. Selain itu, pelaksanaan SPK berasaskan MS ISO 9001: 2015 juga dapat memastikan perkhidmatan yang diberikan oleh jabatan sentiasa mematuhi peraturan dan dapat meningkatkan prestasi keseluruhan organisasi dalam jabatan.