Jabatan Kemajuan Islam Malaysia melaksanakan sistem kualiti bagi dua puluh tujuh (27) proses melibatkan proses utama dan sokongan di Ibu Pejabat JAKIM berdasarkan keperluan standard MS ISO 9001:2015
Bahagian Khidmat Pengurusan
- Pengurusan Kenderaan
- Pengurusan Fasiliti
- Pengurusan Fail
- Pengurusan Aset
- Pengurusan Stor
- Pengurusan Keselamatan
Bahagian Pengurusan Maklumat
- Pengurusan Bantuan teknikal ICT – Email
Bahagian Dasar Kemajuan Islam
- Pengurusan Instrumen Kerjasama (MOU, MOC, LOI, MRA) Peringkat Antarabangsa
Bahagian Maqasid Syariah
- Penyelarasan Dan Pembudayaan Maqasid Syariah
Bahagian Penerbitan
- Pengurusan Edaran, promosi dan Jualan buku/Bahan terbitan JAKIM
- Pengurusan Penerbitan buku
- Pengurusan Perpustakaan
Bahagian Pendidikan
- Pengurusan UPKK
Unit Komunikasi Korporat
- Pengurusan Aduan
Bahagian Pengurusan Halal
- Pengurusan Halal
Bahagian Keluarga, Sosial Dan Komuniti
- Pekhidmatan KSK Care Centre KSKCC)
Bahagian Dakwah
- Pengurusan Khutbah Jakim
Bahagian Penyelarasan Penguatkuasaan & Pendakwaan Syariah
- Penyelarasan Pendakwaan Syariah
Bahagian Undang-Undang
- Semakan Instrumen Perundangan
Unit Integriti
- Tadbir Urus Unit Integriti
- Pengurusan Aduan Integriti
- Pengukuhan Integriti
- Pematuhan Unit Integriti
Bahagian Kewangan
- Pengurusan Perolehan Secara Pembelian Terus
- Pengurusan Bayaran Secara Pembelian Terus
Bahagian Pengurusan Sumber Manusia
- Pengurusan Pegawai Atase
Bahagian Penyelidikan
- Pengurusan Permohonan Semakan dan Kelulusan Teks Terjemahan Al – Quran
