Cawangan MKI dan Perlembagaan yang berperanan sebagai Sekretariat Majlis Kebangsaan Bagi Hal Ehwal Agama Islam Malaysia (MKI) dan Sekretariat JAKIM bagi semua urusan yang berkaitan dengan Persidangan Dewan Rakyat meliputi mesyuarat pra persidangan, agihan pertanyaan, penyelarasan jawapan, sesi perbahasan/ penggulungan, dan petugas bagi setiap sesi persidangan, menyelaras semua urusan yang berkaitan dengan Kabinet meliputi penyediaan Memorandum/Nota Jemaah Menteri, pemantauan pelaksanaan dan maklum balas keputusan.
Cawangan Dasar Perkhidmatan Hal Ehwal Islam berperanan bagi merangka strategi pemerkasaan, halatuju dan transformasi perkhidmatan hal ehwal Islam, pegawai-pegawai kader serta merangka dasar pembangunan insan JAKIM.
Cawangan Dasar Pendidikan Islam berperanan mengurusetiakan Persidangan Jawatankuasa Penyelarasan Pendidikan Islam Kebangsaan (JPPIK) bagi merancang dan menggubal dasar berkaitan pendidikan Islam,melibatkan sekolah agama negeri/rakyat, institusi tahfiz, pondok dan Program Kelas Al-Quran dan Fardhu Ain (KAFA).
Cawangan Pengurusan dan Perancangan Strategik yang berperanan merancang dan merangka hala tuju JAKIM melalui penyediaan, penyelarasan pelaksanaan Pelan Strategik JAKIM, penyelarasan Petunjuk Prestasi Utama (KPI) JAKIM dan laporan pencapaian Program Kemajuan Islam Bajet Berasaskan Keberhasilan (OBB). Selain itu, cawangan ini berperanan mengurus tadbir pengurusan kewangan, sumber manusia dan aset di Bahagian Dasar Kemajuan Islam (BDKI) mengikut peraturan yang ditetapkan.
Cawangan Hal Ehwal Antarabangsa berperanan merancang, menyelaras dan memperkukuh hubungan JAKIM di peringkat antarabangsa melalui program kerjasama dua hala dan pelbagai hala dalam bidang Hal Ehwal Islam. Selain itu, cawangan ini mengkaji, menentukan dasar dan mengemukakan maklumbalas pendirian Malaysia dalam isu-isu hak asasi manusia yang dibangkitkan oleh institusi atau konvensyen antarabangsa.
Cawangan Dasar Pendidikan Tahfiz berperanan merancang, merangka, membangun, menilai semula hala tuju berkaitan Dasar Pendidikan Tahfiz Negara (DPTN). Turut berperanan membangun, melaksana dan membuat penambahbaikan Standard Pengiktirafan Tahfiz Malaysia bagi tujuan penyeragaman serta penyelarasan pengiktirafan institusi tahfiz dan huffaz.
Cawangan Dasar Pendidikan Tinggi berperanan merancang dan mengurus keperluan akreditasi dan jaminan kualiti Pemberi Pendidikan Tinggi (PPT) JAKIM serta Lokasi Tambahan dalam bidang akademik. Turut berperanan menguruskan Skim Pembiayaan Hafiz (SPH) JAKIM bagi pelajar tahfiz bagi melanjutkan pengajian ke peringkat Ijazah Sarjana Muda, Sarjana dan Doktor Falsafah. Selain itu, cawangan ini mengurus dan menyelaras keperluan program kemahiran PPT JAKIM dalam semua peringkat:
Kemahiran sijil professional tahap 4
Kemahiran sijil tahap 3,2, dan 1
Cawangan Dasar Dakwah, Sosial dan Komuniti berperanan merancang dan menggubal dasar-dasar berkaitan dengan hal ehwal dakwah, sosial, pembangunan keluarga Islam, komuniti dan kemajuan masjid di Malaysia dan penerapan nilai-nilai Islam serta penyediaan dan penyelarasan maklum balas berkaitan isu-isu berhubung dengan pelan tindakan dakwah, sosial dan komuniti.